Ши Чженли и П.Дасзак: Чтобы инфицировать человека, коронавирусу нужны генетические модификации

[aillarionov]

Как известно, главный цензор Фейсбука по вопросам коронавирусной пандемии Д.Андерсон в течение двух лет неоднократно работала в Уханьском институте вирусологии и является соавтором работ с Ши Чженли. Например, вот этой статьи:

Обнаружение коронавирусов летучих мышей посредством наблюдения и секвенирования следующего поколения на основе захвата зондов
Discovery of Bat Coronaviruses through Surveillance and Probe Capture-Based Next-Generation Sequencing
Bei Li, Hao-Rui Si, Yan Zhu, Xing-Lou Yang, Danielle E. Anderson, Zheng-Li Shi, Lin-Fa Wang, Peng Zhou
Matthew B. Frieman, Editor
Published online January 29, 2020
https://msphere.asm.org/content/5/1/e00807-19/article-info

Другим активным публичным защитником Ши Чженли, а также версии о естественном происхождении коронавируса SARS-СoV-19 является Питер Дасзак, президент американской организации EcoHealtn Alliance:
Исследования доктора Дасзака сыграли важную роль в выявлении и прогнозировании происхождения и воздействия возникающих заболеваний по всему миру. Это включает в себя выявление происхождения коронавируса SARS от летучих мышей...
Dr. Daszak’s research has been instrumental in identifying and predicting the origins and impact of emerging diseases across the globe. This includes identifying the bat origin of SARS...

П.Дасзак также является соавтором работ совместно с Д.Андерсон. Например, вот этой:
Выделение и полногеномная характеристика вирусов Нипах у летучих мышей в Бангладеш
Isolation and Full-Genome Characterization of Nipah Viruses from Bats, Bangladesh
Danielle E. Anderson,1 Ariful Islam,1 Gary Crameri,1 Shawn Todd, Ausraful Islam, Salah U. Khan, Adam Foord, Mohammed Z. Rahman, Ian H. Mendenhall, Stephen P. Luby, Emily S. Gurley, Peter Daszak, Jonathan H. Epstein,1 Lin-Fa Wang.
January 2019
https://www.researchgate.net/publication/330054457_Isolation_and_Full-Genome_Characterization_of_Nipah_Viruses_from_Bats_Bangladesh

Есть работы, в подготовке которых участвовали все три упомянутых лица  – Ши Чженли, П.Дасзак, Д.Андерсон:
Синдром острой диареи у свиней со смертельным исходом, вызванный HKU2-связанным коронавирусом летучей мыши
Fatal swine acute diarrhea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus of bat origin
Peng Zhou, Hang Fan, Tian Lan, Xing-Lou Yang, Wei-Feng Shi, Wei Zhang, Yan Zhu, Ya-Wei Zhang, Qing-Mei Xie, Shailendra Mani, Xiao-Shuang Zheng, Bei Li, Jin-Man Li, Hua Guo, Guang-Qian Pei, Xiao-Ping An, Jun-Wei Chen, Ling Zhou, Kai-Jie Mai, Zi-Xian Wu, Di Li, Danielle E. Anderson, Li-Biao Zhang, Shi-Yue Li, Zhi-Qiang Mi, Tong-Tong He, Feng Cong, Peng-Ju Guo, Ren Huang, Yun Luo, Xiang-Ling Liu, Jing Chen, Yong Huang, Qiang Sun, Xiang-Li-Lan Zhang, Yuan-Yuan Wang, Shao-Zhen Xing, Yan-Shan Chen, Yuan Sun, Juan Li, Peter Daszak, Lin-Fa Wang, Zheng-Li Shi, Yi-Gang Tong & Jing-Yun Ma
Published 04 April 2020
https://www.nature.com/articles/s41586-018-0010-9

Иными словами, Ши Чженли, Питер Дасзак, Даниэль Андерсон – дружный коллектив, члены которого знают друг друга хорошо и давно друг с другом работают.

Например, еще в 2006 году Ши и Дасзак стали соавторами вот этой статьи:
Обзор летучих мышей и атипичной пневмонии
Review of Bats and SARS
Lin-Fa Wang, Zhengli Shi, Shuyi Zhang, Hume Field, Peter Daszak, and Bryan T. Eaton
Emerg Infect Dis. 2006 Dec; 12(12): 1834–1840.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3291347/

Это интересная статья.
Некоторые выдержки из нее заслуживают того, чтобы быть воспроизведенными здесь (вначале – перевод отрывков на русский язык, затем – оригинальные цитаты на английском).

Обзор летучих мышей и атипичной пневмонии,
журнал «Новые инфекционные болезни», декабрь 2006 г.

Из-за внезапного и непредсказуемого характера вспышек атипичной пневмонии, начавшихся в ноябре 2002 года в южной части Китайской Народной Республики, структурированные и надежные эпидемиологические исследования для окончательного отслеживания происхождения SARS-CoV не проводились...

Ретроспективные серологические исследования не выявили признаков серопревалентности к SARS-CoV или родственным вирусам в популяции людей (6)...

Группа в Гонконге (31) обнаружила, что при анализе методом ПЦР 23 (39%) из 59 анальных мазков диких китайских подковоносых мышей (R. sinicus) содержали генетический материал, тесно связанный с SARS-CoV. Они также обнаружили, что до 84% исследованных подковоносых летучих мышей содержали антитела к рекомбинантному белку N SARS-CoV. Предыдущее исследование показало определенный уровень антигенной перекрестной реактивности между SARS-CoV и некоторыми коронавирусами 1-й группы (6), а также то, что недавно у летучих мышей было обнаружено несколько коронавирусов 1-й группы...

Тем не менее относительно высокая серопревалентность и широкое распространение серопозитивных летучих мышей согласуется с серологической картиной, ожидаемой от хозяина естественного резервуара патогена (29)...

Секвенирование генома показало, что организация генома всех SARS-подобных-CoV у летучих мышей практически идентична организации SARS-CoV, выделенных от людей или цивет. Они разделяли общую идентичность последовательности от 88% до 92%...

Кроме того, анализ последовательностей показал наличие гораздо большего генетического разнообразия SARS-подобных-CoV у летучих мышей, чем SARS-CoV у цивет или людей, что подтверждает мнение о том, что SARS-CoV является членом этой новой группы коронавирусов, и что летучие мыши являются естественным резервуаром для этого. Общая идентичность геномной последовательности между SARS-CoV человека и вирусами летучей мыши Rp3 (выделена из R. Pearsoni) и HKU3-1 (выделена из R. sinicus) составила 92% и 88% соответственно. Идентичность последовательности между изолятами летучих мышей Rp3 и HKU3-1 составляет 89%, что указывает на то, что генетическая дивергенция среди изолятов летучих мышей так же велика, как и расхождение между каждым из вирусов летучей мыши и изолятами человека / циветы. Кроме того, филогенетические деревья, основанные на разных белковых последовательностях, отражают разные топологии деревьев, как показано на рисунке (панель B), указывающем на существование нескольких эволюционных путей для разных областей генома...

Появление зоонозных вирусов из резервуара дикой природы требует осуществления 4 событий: 1) межвидового контакта, 2) межвидовой передачи вируса (т.е. распространения), 3) устойчивой передачи и 4) адаптации вируса в пределах распространения (34). Эти 4 переходные события произошли во время вспышек атипичной пневмонии и способствовали быстрому распространению заболевания по всему миру...

Несмотря на то, что данные, полученные до сих пор, не являются окончательными, мы уверенно полагаем, что летучие мыши (в частности, подковоносые) являются, скорее всего, резервуаром-хозяином SARS-CoV. Как указывалось выше, коронавирусы летучих мышей, по-видимому, являются видоспецифичными, а обнаруженные до настоящего времени SARS-подобные-CoV связаны исключительно с подковоносыми летучими мышами. Мы надеемся, что дальнейшие полевые исследования в конечном итоге позволят выявить прямого прародителя SARS-CoV среди 69 различных известных видов подковоносых...

Другой подход к поиску естественного резервуара SARS-CoV состоит в проведении экспериментов по заражению различных видов летучих мышей. Если предположить, что вирусы-предшественники происходят от летучих мышей, велика вероятность того, что вирусы SARS-CoV человека / циветы все еще способны инфицировать исходные виды-резервуары ...

Хотя на данном этапе мы не можем исключить возможности прямой передачи от естественного резервуара-хозяина человеку, молекулярные эпидемиологические исследования (2,10) и исследования взаимодействия рецептора-S с белком (35) показывают, что вирусы-предшественники вряд ли способны заражать людей, и что быстрая вирусная эволюция в промежуточном хозяине (таком, как циветы), по-видимому, необходима для адаптации вируса к инфицированию человека. Способность эффективно использовать рецепторные молекулы (ACE2 для человека и циветы), по-видимому, является основным ограничивающим фактором для передачи от животного к человеку и от человека к человеку (35). Это также объясняет, почему SARS-CoV был способен вызывать пандемию у людей, а очень близкие к SARS-like-CoV летучих мышей – нет. Чтобы SARS-подобные-CoV коронавирусы могли инфицировать людей, потребуются существенные генетические изменения в домене, связывающем рецептор S1. Эти изменения могут быть достигнуты одним из двух возможных способов. Они могут быть достигнуты путем генетической рекомбинации, поскольку известно, что коронавирусы способны рекомбинировать. Например, SARS-подобные-CoVs у летучих мышей и другой, еще неизвестный коронавирус, могут коинфицировать промежуточного хозяина, а вирусы у летучих мышей получат место связывания ACE2 в домене S1 путем рекомбинации. Альтернатива – непрерывная эволюция, независимая от рекомбинации. Коронавирусы у летучих мышей могут иметь спектр, достаточно разнообразный, чтобы охватить вирус-предшественник для SARS-CoV. Способность вируса-предшественника связывать человеческий ACE2 может быть приобретена или улучшена путем адаптации (то есть точечных мутаций) в более чем одном промежуточном хозяине, прежде чем он сможет эффективно инфицировать людей. Существование по крайней мере 3 прерывистых высоко вариабельных геномных областей между SARS-CoV и SARS-like-CoV указывает на то, что второй механизм более вероятен.

В заключение следует сказать, что открытие SARS-подобных-CoV у летучих мышей и большое генетическое разнообразие коронавирусов у летучих мышей пролило новый свет на происхождение и передачу SARS-CoV. Хотя точный естественный резервуар хозяина для вируса-предшественника SARS-CoV до сих пор неизвестен, мы считаем, что продолжающийся поиск в различных популяциях летучих мышей в Китайской Народной Республике и соседних странах в сочетании с экспериментальным заражением различных видов летучих мышей SARS-CoV, сможет в конечном итоге определить виды из местного резервуара. Положительный результат этих исследований значительно улучшит наше понимание механизмов распространения, что, в свою очередь, облегчит разработку и реализацию эффективных стратегий профилактики. Обнаружение SARS-подобных CoVs у летучих мышей подчеркивает растущую важность летучих мышей как резервуаров появляющихся вирусов (36). Более того, недавнее появление SARS-CoVs и других ассоциированных с ним летучих мышей, таких как вирусы хенипавирусов (37,38), вирусов Menangle и Tioman (36), а также разновидностей вирусов бешенства и лизсавирусов летучих мышей (38,39) также поддерживает утверждение о том, что вирусы, особенно РНК-вирусы, имеют более высокий риск вызывания заболеваний у людей и домашних млекопитающих, чем другие патогены, из-за их более высокой частоты мутаций (40).

Выражение признательности
Работа, проводимая нашей многонациональной совместной командой, была профинансирована за счет специального гранта для животных резервуаров SARS-CoV, гранта Государственной ключевой программы фундаментальных исследований №. 2005CB523004, гранта Государственной программы развития высоких технологий №. 2005AA219070 от Министерства науки и технологий Китайской Народной Республики; специального фонда президента Академии наук Китая (№ 1009); Шестой рамочной программы EPISARS Европейской комиссии (№ 51163); Австралийского совместного исследовательского центра биобезопасности для новых инфекционных заболеваний (проект 1.007R); гранта Национального института здравоохранения – Национального научного фонда «Экология инфекционных заболеваний» (№ R01-TW05869) Международного центра Джона Э. Фогарти; и гранта Консорциума по консервативной медицине Фонда В. Канна Расмуссена.

Оригиналы цитат на английском:
Because of the sudden and unpredictable nature of the SARS outbreaks that started in November 2002 in southern People's Republic of China, structured and reliable epidemiologic studies to conclusively trace the origin of SARS-CoV were not conducted...

Retrospective serologic studies found no evidence of seroprevalence to SARS-CoV or related viruses in the human population (6)...

A group in Hong Kong (31) found that, when analyzed by PCR, 23 (39%) of 59 anal swabs of wild Chinese horseshoe bats (R. sinicus) contained genetic material closely related to SARS-CoV. They also found that as many as 84% of the horseshoe bats examined contained antibodies to a recombinant N protein of SARS-CoV. A previous study indicated a certain level of antigenic cross-reactivity between SARS-CoV and some group 1 coronaviruses (6) and that several group 1 coronaviruses had recently been found in bats...

Nevertheless, the relatively high seroprevalence and wide distribution of seropositive bats is consistent with the serologic pattern expected from a pathogen's natural reservoir host (29)...

Genome sequencing showed that the genome organization of all bat SARS-like–CoVs is almost identical to that of the SARS-CoVs isolated from humans or civets. They shared an overall sequence identity of 88% to 92%...

Furthermore, sequence analyses indicated the existence of a much greater genetic diversity of SARS-like–CoVs in bats than of SARS-CoVs in civets or humans, which supports the notion that SARS-CoV is a member of this novel coronavirus group and that bats are a natural reservoir for it. The overall genome sequence identities between the human/civit SARS-CoVs and the bat viruses Rp3 (isolated from R. pearsoni) and HKU3–1 (isolated from R. sinicus) were 92% and 88%, respectively. The sequence identity between the bat isolates Rp3 and HKU3–1 is 89%, which indicates that the genetic divergence among the bat isolates is as great as the divergence between each of the bat viruses and the human/civet isolates. In addition, phylogenetic trees based on different protein sequences display different tree topologies, as shown in the Figure (panel B), which indicates the existence of multiple evolutionary pathways for different regions of the genome...

Emergence of zoonotic viruses from a wildlife reservoir requires 4 events: 1) interspecies contact, 2) cross-species virus transmission (i.e., spillover), 3) sustained transmission, and 4) virus adaptation within the spillover species (34). These 4 transition events occurred during the SARS outbreaks and contributed to the rapid spread of the disease around the world...

Although not conclusive, the data obtained so far strongly suggest that bats (horseshoe bats in particular) are most likely the reservoir host of SARS-CoV. As indicated above, bat coronaviruses seem to be species-specific and SARS-like–CoVs discovered so far are exclusively associated with horseshoe bats. We hope that continued field study will eventually identify the direct progenitor of SARS-CoV among the 69 different known horseshoe species...
Another approach to search for the natural reservoir of SARS-CoV is to conduct infection experiments in different bat species. If we assume that the progenitor viruses come from bats, chances are high that the human/civet SARS-CoVs are still capable of infecting the original reservoir species...

Although at this stage we cannot rule out the possibility of direct transmission from the natural reservoir host to humans, molecular epidemiologic studies (2,10) and studies of the receptor-S protein interaction (35) indicate that the progenitor viruses are unlikely to be able to infect humans and that a rapid viral evolution in an intermediate host (such as civets) seems to be necessary to adapt the virus for human infection. Ability to efficiently use the receptor molecules (ACE2 for human and civet) seems to be a major limiting factor for animal-to-human and human-to-human transmission (35). This also explains why the SARS-CoV was able to cause the human pandemic but the closely related bat SARS-like–CoVs were not. For the SARS-like–CoVs to infect humans, substantial genetic changes in the S1 receptor-binding domain will be necessary. These changes may be achieved in 1 of 2 possible ways. They could be achieved by genetic recombination, as coronaviruses are known to be able to recombine. For example, bat SARS-like–CoVs and another yet unknown coronavirus could coinfect an intermediate host, and the bat viruses would gain the ACE2 binding site in the S1 domain by recombination. The alternative is continuous evolution independent of recombination. Coronaviruses in bats could have a spectrum sufficiently diverse to encompass the progenitor virus for SARS-CoVs. The progenitor virus's ability to bind human ACE2 may be acquired or improved by adaptation (i.e., point mutations) in >1 intermediate host before it could efficiently infect humans. The existence of at least 3 discontinuous highly variable genomic regions between SARS-CoV and SARS-like–CoV indicates that the second mechanism is more likely.

In conclusion, the discovery of bat SARS-like–CoVs and the great genetic diversity of coronaviruses in bats have shed new light on the origin and transmission of SARS-CoV. Although the exact natural reservoir host for the progenitor virus of SARS-CoV is still unknown, we believe that a continued search in different bat populations in People's Republic of China and neighboring countries, combined with experimental infection of different bat species with SARS-CoV, will eventually identify the native reservoir species. A positive outcome of these investigations will greatly enhance our understanding of spillover mechanisms, which will in turn facilitate development and implementation of effective prevention strategies. The discovery of SARS-like–CoVs in bats highlights the increasingly recognized importance of bats as reservoirs of emerging viruses (36). Moreover, the recent emergence of SARS-CoVs and other bat-associated viruses such as henipaviruses (37,38), Menangle, and Tioman viruses (36), and variants of rabies viruses and bat lyssaviruses (38,39) also supports the contention that viruses, especially RNA viruses, possess more risk than other pathogens for disease emergence in human and domestic mammals because of their higher mutation rates (40).

Acknowledgments

The work conducted by our multination collaborative team was jointly funded by a special grant for Animal Reservoirs of SARS-CoV, State Key Program for Basic Research grant no. 2005CB523004, and State High Technology Development Program grant no. 2005AA219070 from the Ministry of Science and Technology, People's Republic of China; a special fund from the president of the Chinese Academy of Sciences (no. 1009); the Sixth Framework Program, EPISARS, from the European Commission (no. 51163); the Australian Biosecurity Cooperative Research Centre for Emerging Infectious Diseases (Project 1.007R); an National Institutes of Health-National Science Foundation Ecology of Infectious Diseases award (no. R01-TW05869) from the John E. Fogarty International Center; and an award to the Consortium for Conservation Medicine from the V. Kann Rasmussen Foundation.

Как видим, в статье немало интересного.
Но внимание читателя привлекает прежде всего следующее утверждение авторов – тех самых, что ныне опровергают синтетическую версию происхождения коронавируса SARS-CoV-19 и настаивающих на версии его естественного происхождения:

Коронавирусы летучих мышей, близкие к SARS-like-CoV, естественного происхождения не способны вызвать пандемию у людей. Для того, чтобы SARS-подобные-CoVs могли инфицировать людей, требуются существенные генетические изменения в домене, связывающем рецептор S1.

Особую признательность выражаю френдам этого блога onlyfreedigits, scholast, Дайнису Крумсу за помощь в подготовке этого текста.

П.С.
Peter Daszak
@PeterDaszak
Apr 12
Мой коллега и друг Чжэнли Ши. Оскорблена, ей угрожают конспирологи в США и Китае. Находится под давлением ее собственного правительства. Вирусолог мирового класса, первый, кто определил происхождение SARS-CoV-2 и замечательный щедрый человек. Ее следует хвалить как героя, а не поносить.
My colleague & friend Zhengli Shi. Insulted, threatened by conspiracy theorists in US & China. Pressured by her own govt. World class virologist, 1st to identify origin of SARS-CoV-2 & wonderful generous person. She should be lauded as hero, not vilified.
https://twitter.com/PeterDaszak/status/1249136348876943369

Peter Daszak
@PeterDaszak
Apr 12
Чженли провела последние 15 лет, показывая всем нам, что эти вирусы представляют собой явную и существующую опасность. Она была права. Теперь она получает оскорбления и угрозы, политическое давление со всех сторон. Это пародия. Пожалуйста, прочитайте эту петицию и, если вы согласны, подпишите.
Zhengli has spent the last 15 years showing us all that these viruses are a clear & present danger. She was right. Now she's receiving insults & threats, political pressure from all sides. This is a travesty. Please read this petition & if you agree, sign.
https://twitter.com/PeterDaszak/status/1249136348876943369

Петиция в поддержку Ши Чженли на сайте https://www.change.org:

Гранты Ши Чженли в 2020-2023 гг.:
- 01/01/2016-31/12/2020 Geographical distribution and genetic variation of pathogens in Africa, Sino-Africa Joint Research Center, Chinese Academy of Science, project no: SAJC20165. Principal Investigator. 2,400,000 RMB.
- 01/01/2018-31/12/2021 Evolution mechanism of the adation of bat SARS-related coronaviruses to host receptor molecules and the risk of interspecies infection, National Natural Science Foundation of China, project no: 31770175. Principal Investigator. 660,000 RMB.
- 01/07/2018-30/06/2023 Genetic evolution and transmission mechanism of important bat-borne viruses. The strategic Priority research Program of Chinese Academy of Sciences. Principal Investigator. 8,750,000 RMB.
- 01/01/2019-31/12/2023 Pathogen biology studies on novel swine coronavirus, National Natural Science Foundation of China, project no: 31830096. Principal Investigator. 3,480,000 RMB.
https://www.ws-virology.org/wp-content/uploads/2017/11/CV_SHI-ZL-2018_ASM.pdf

Comments

[lj-frank-bot.livejournal.com]

Hello!
LiveJournal categorization system detected that your entry belongs to the following categories: Животные (https://www.livejournal.com/category/zhivotnye?utm_source=frank_comment), Коронавирус (https://www.livejournal.com/category/koronavirus?utm_source=frank_comment), Медицина (https://www.livejournal.com/category/medicina?utm_source=frank_comment).
If you think that this choice was wrong please reply this comment. Your feedback will help us improve system.
Frank,
LJ Team

Догнать и перегнать эволюцию?

[alexandre bondarev (from livejournal.com)]

Большое спасибо за интереснейшую статью 2006 г. и превосходный перевод.

Авторы указывают, что механизм непрерывной эволюции более вероятен для получения свойства "связывать человеческий ACE2", т.е. как раз приводить к приобретению возможности "эффективно инфицировать людей" - а именно это успешно делает вирус SARS-Covid-2.

Иначе говоря, в 2006 г. эволюционный (то есть длительный) механизм возникновения смертельного вируса являлся более эффективным, чем генетические манипуляции.

Однако за последние 14 лет возможности науки шагнули так далеко вперед, что пытливые и амбициозные ученые вполне могли попробовать достичь этого интересного результата "путем генетической рекомбинации", т.е. добиться этого в лабораторных условиях.

Не получается_Re: Догнать и перегнать эволюцию?

[viniz.livejournal.com]

Создавать искусственные (рекомбинантные) вирусы научились давно. Их создано в лабораториях огромное количество.
Но специалисты могут легко отличать вирусы естественного и искусственного происхождения.
COVID-19 не мог быть создан в лаборатории.

Здесь (https://aillarionov.livejournal.com/1174894.html?thread=106465390#t106465390) короткое (на 6 мин) интервью со специалистом об этом.

[qrspeter.livejournal.com]

Спасибо за статьи! Понятно что намек на искусственную природу таких изменений. Но всё-таки существенные естественные изменения в геноме вируса не невозможны, а маловероятны (равно как и зарождение жизни в первичном бульоне, например). Причем случаи таких естественных изменений, с помощью промежуточного заражения, уже были - предыдущие атипичные пневмонии. Хотя выглядит все настолько подозрительно, что версия прямого влияния напрашивается.

[rostyslav andriiuk (from livejournal.com)]

К сведенью. тема первичного бульона оказалась настоятельной, тем более в свете последних знаний устройства живого.
Никто убедительно так и не показал, хоть сколько реальную модель зарождения Жизни в супчике. Эксперименты на уровне клеточной хирурги по сокращению функционала, генома и прочих элементов, показали, что даже простейшие живые микроорганизмы настолько сложны, что уже не могут физически существовать при наличии ~ 400 генов, оставаясь при этом ооочень сложными функционально.
Т.е. Лестницы вниз по упрощению живых микроорганизмов не существует.
Откуда взялась лестница Вверх, никто (повторюсь НИКТО) даже очень приблизительно не показал.
Все рассуждения на эту тему можно смело отнести к теме популярной фантастики, но никак не науки.

[sergey tyapkin (from livejournal.com)]

Из серии: "Заигрались"...

[(Anonymous)]

>>...чем глубже погружаешься в деятельность коронавирусологов за последние 15–20 лет, тем лучше понимаешь, что создание ровно таких химер как CoV2 у них было обыденным делом. А CoV2 — это очевидная химера, основанная на летучемышином штамме RaTG13, у которого в шиповидном белке место связывания с рецептором (RBM) заменено с летучемышиного на панголиний, и вдобавок врезан особый участок из 4-х аминокислот, создавший furin cleavage site, который, как ранее выяснили вирусологи, значительно расширяет «репертуар» вируса в плане того, в чьи клетки он может проникать. Скорее всего, именно благодаря этому новому фуриновому сайту, новый мутант и сумел перескочить с исходных носителей на людей.
С учётом тех высот, которых сегодня достигла генная инженерия, синтетически собрать CoV2 по вышеописанной методике не составило бы труда даже начинающему специалисту. Ведь вирусологи, включая руководителя коронавирусного направления в Уханьском институте вирусологии Ши Чжэнли, такими вещами уже неоднократно занимались
>>...
>> Кстати, забавное совпадение, что примерно в то же время, в той же Юньнани группа Ши Чжэнли, оказывается, также обнаружила и штамм RaTG13, который оказался наиболее близок к CoV2, и их геномы тоже совпадают на 96%.
>>...
>> Вообще, RaTG13 — феноменальный штамм. Странно, что все эти годы группа Ши Чжэнли о нём молчала. Ведь он совсем не похож на остальных своих собратьев, особенно в последовательности шиповидного белка, а это, напомню, именно то место, которое определяет к каким типам клеток (и каких видов) данный вирус сможет цепляться.
>>...
>> Так откуда же взялся RaTG13? Как я уже сказал, в 2020 году Ши Чжэнли сообщила, что выделила его у подковоносов (только вида Rhinolophus affinis, а не R. sinicus) в июле 2013 года в Юньнани. Правда, до конца января 2020 года публично о его существовании не сообщалось, а вот как описывает своё знаменательное открытие о его схожести с CoV2 сама группа Ши Чжэнли: (...)

https://habr.com/ru/post/497956/

[cucuruzer.livejournal.com]

Все "природные вирусы" обнаружила одна и та же группа вирусологов, которая "нашла" в "дикой" природе вирусы и у панголин и у летучих мышей и у других животных. Они десятилетиями весело и с песнями клепали биологическое оружие массового поражения, не забывая о будущем следователе, для которого заботливо размешали публикации в научных журналах. А сейчас глупый Панчин говорит, что 40-значная последовательность вируса спида в коронавирусе - природная случайность, т.к. она имеется и в других вирусах опубликованых этой же группой "ученых".

[fluorent.livejournal.com]

Да, похоже все сходится, уже даже понятно, какая примерно была модификация в S белке, - между его частями S1 и S2 была врезка из 4 аминокислот, которая привела к тому, что этот вирус не просто заразен, а может поражать больше типов клеток человека. Из этого следует его такая разнообразная симптоматика.
P.S. Еще удивительно, что в их статьях нет и намека на поиск каких-нибудь механизмов защиты от такого типа вирусов. Если бы они все свое время потратили на это - у нас давно уже была бы и вакцина и различные типы лекарств.

[(Anonymous)]

Shi Zhengli; Team of 10 researchers at the WIV (4 February 2020).
"Remdesivir and chloroquine effectively inhibit the recently emerged novel coronavirus (2019-nCoV) in vitro"
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7054408/

Но это исследование лишь in vitro (в пробирке), а не на живых существах (мышах).
А во-вторых, статья опубликована только в феврале, а до того никаких методов защиты Ши не предлагала. Похоже, защита от коронавирусов её вообще не волновала. Неизвестно и никаких высказываний Ши против поедания мышей до этой вспышки.

[livejournal.livejournal.com]

Hello! Your entry got to top-25 of the most popular entries in LiveJournal! Learn more about LiveJournal Ratings in FAQ (https://www.dreamwidth.org/support/faqbrowse?faqid=303).

[livejournal.livejournal.com]

Hello! Your entry got to top-25 of the most popular entries of Russia in LiveJournal! Learn more about LiveJournal Ratings in FAQ (https://www.dreamwidth.org/support/faqbrowse?faqid=303).

[aleksandranata.livejournal.com]

Спасибо! Даже не верится, что за такой короткий срок вскрывается ларчик, дно которого должен увидеть весь мир.

[(Anonymous)]

Ну то есть примерно ясно как наступит пресловутый конец света..

[(Anonymous)]

Ну да. Эта же группа деятелей занималась Nipah virus, и наверняка Hendra virus. У таких парамиксовирусов смертность близка к 100%.

[onlyfreedigits.livejournal.com]

И после вашего поста могу только посоветовать читателям еще раз пересмотреть эту часть ранее опубликованного вами фильма, где автор обсуждает эволюцию научных работ товарища Ши. Вот ссылка на таймкод.
https://www.youtube.com/watch?v=Le_rfTdayLs&feature=youtu.be&t=1050

Оказывается, они потом научились обходиться без промежуточного хоста.


Про "знаменитую" статью 2015 года автор говорит, что они там изменили как раз S-протеин.

Я только не понял зачем они в статье брали шип от летучей мыши и приделывали его к мышиному SARS (а не наоборот).

А затем можно еще перепрыгнуть на вторую часть, где он проводит обзор анализа гена
https://www.youtube.com/watch?v=Le_rfTdayLs&feature=youtu.be&t=571

Этот скрин понравится биоинформатику Панчину, который любит использовать BLAST.


E-протеин на 100% совпал с одним из коронавирусов летучих мышей, выделенных в одном из китайских военных институте за год до этого. (привет от коспирологов: зачем военным изучать вирусы летучих мышей?)

Комментарии экспертов в фильме - 100% совпадение говорит, что это однозначно не может быть естественной мутацией. (12:13 по таймкоду)

При этом S-протеин очень близко совпадает с SARS вирусом. Вот статья цитированная в фильме
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7089049/
Overall, there is considerable genetics distance between the Wuhan CoV and the human-infecting SARS-CoV, and even greater distance from MERS-CoV. This observation raised an important question whether the Wuhan CoV adopted the same mechanisms that SARS-CoV or MERSCoV used for transmission cross species/humans, or involved a new, different mechanism for transmission.

The S-protein of coronavirus is divided into two functional units, S1 and S2. S1 facilitates virus infection by binding to host receptors. It comprises two domains, the N-terminal domain and the C-terminal RBD domain that directly interacts with host receptors (Li, 2012). To investigate the Wuhan CoVand its host interaction, we looked into the RBD domain of its S-protein. The S-protein was known to usually have the most variable amino acid sequences compared to those of ORF1a and ORF1b from coronavirus (Hu et al., 2017). However, despite the overall low homology of the Wuhan CoV S-protein to that of SARS-CoV (Figure S1 in Supporting Information), the Wuhan CoV S-protein had several patches of sequences in the RBD domain having a high homology to that of SARS-CoV_Tor2 and HP03-GZ01 (Figure 1B).
...
Because of the loss of hydrogen bond interactions due to replacing Arg426 with Asn426 in the Wuhan CoV S-protein, the binding free energy for the Wuhan CoV S-protein increased by 28 kcal mol–1 when compared to the SARS-CoV S-protein binding. Although comparably weaker, the Wuhan CoV S-protein is regarded to have strong binding affinity to human ACE2. So to our surprise, despite replacing four out of five important interface amino acid residues, the Wuhan CoV S-protein was found to have a significant binding affinity to human ACE2. Looking more closely, the replacing residues at positions 442, 472, 479, and 487 in the Wuhan CoV S-protein did not alter the structural confirmation. The Wuhan CoV S-protein and SARS-CoV S-protein shared an almost identical 3-D structure in the RBD domain, thus maintaining similar van der Waals and electrostatic properties in the interaction interface.

То есть, если я все правильно понял, COVID-19 - это модифицированный шип от SARS посаженный на коронавирус летучей мыши. Вот когда я смотрел фильм первый раз, я этого не понял. Сейчас мы все стали больше разбираться в вопросе)

Кстати, естественно, что он не будет совпадать с тем, который был опубликован в 2015 году

[fluorent.livejournal.com]

Евгений Кунин с соавторами пишет тоже о вставке из 4 аминокислот в S белке: (CFR - это уровень патогенности вируса)

A unique insertion upstream of the heptad repeat region of the spike glycoprotein in high-CFR CoV
We next investigated the diagnostic feature identified within the spike glycoprotein. The SARS-CoV-2 spike protein binds ACE2, the host cell receptor of SARS-CoV-2, with a 10-20 fold greater affinity compared to SARS-CoV, and contains a polybasic furin cleavage site resulting from a unique insert to SARS-CoV-2 that could enhance infectivity. The spike protein consists of multiple domains(Fig 3a), including two heptad repeat regions that are crucial to infection. During membrane fusion, the heptad repeats fold into a 6-helical bundle that forms the stable fusion core which facilitates the insertion of the hydrophobic fusion peptide into the host membrane and brings the viral and host membranes into proximity as required for fusion. The spike protein fusion peptide is located upstream of the first heptad repeat (HR1), with a long connecting region between the fusion peptide and HR1 that adopts an α-helical structure. Our analysis revealed a 4 amino acid insertion in the connecting region in all high-CFR viruses but not in any of the low-CFR ones, with the MERS and SARS clades apparently acquiring this insertion independently as supported by the unrelated insert sequences (Fig 3b, Supplementary Figure 1b). The insertion increases the length and flexibility of the connecting region as confirmed by the examination of the spike glycoprotein structure of SARS-CoV (Fig. 3d), and therefore, is likely to affect the fusion process although the specific contribution of this insert to pathogenicity remains to be studied experimentally.

Диаграммы можно посмотреть по ссылке:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.05.026450v2.full#F3

[(Anonymous)]

Вчера был юбилей Ленина (150 лет). Андрей Николаевич, почему российские власти до сих пор хранят мумию Ленина в мавзолее на Красной площади?

[(Anonymous)]

Поговаривают, что он там не весь.
Нет у революции конца.
Виновата тоже какая-то зараза.

Пироманы и прочие

[(Anonymous)]

Встречаются люди, которых буквально прет от осознания что они являются обладателями какой-нибудь заразы, от которой нет пока что защиты и которая может показать всем кузькину мать.

Это я не про вирусы, это я например про нашего Президента и обожаемые им Авангарды, Кинжалы, Ресурсы, и прочую дрянь, каждая из которых может как минимум загадить половину Америки лет на сто. Ну разве не круто - иметь возможность все разом испоганить?!

Однако это еще не верх крутизны. Все-таки делал это все не он. А вот когда еще и сам сварил, да еще сварил то чего больше пока никто не смог - вот это даааа! Жаль, доступа к Первому каналу нет, а как же - минута славы? Говорят, удачливые воры со временем начинают оставлять на месте преступления всякие улики, наподобие фирменного знака. А то же не похвастаться никак:(

А еще - и это тоже не новость - есть множество личностей, которые совершенно уверены что Господь покарает еретиков, грешников, неверных или еще каких неправильных. Но у Господа времени - миллион лет, и он как-то не торопится с этим делом. И как же тут не взять праведное дело в свои руки, не помочь, так сказать Всевышнему, не ускорить процесс?

Я не говорю что так было. Я - не знаю. Я говорю другое - так точно МОЖЕТ быть, и было бы неплохо что-нибудь сделать такое, чтобы возможность жить на этой планете без противогаза как-нибуь поменьше зависела от всех у кого - по тем или иным причинам - свербит. Ибо планета - одна, а одержимых - миллионы.

Как-то к идее что нехорошо если каждый из них сможет, скажем, варить дома какую-нибудь радиоактивную дрянь - человечество пришло уже довольно давно. Хотелось бы верить что нынешний шок сподвигнет расширить список того чем станет невозможно тешить свои комплексы неполноценности и значительности:( Михаил.

[(Anonymous)]

Трагикомедия, если фирменный знак оставлен, а его игнорируют.

[verunder.livejournal.com]

У Peter Daszak интересный твиттер. Я увидела у него два стилистических типа(категории) сообщений. Первая категория использует нормальный английский язык (с учетом того, что это твиттер, но в целом очень неплохо, бритиш, все-таки, как он себя заявляет).
Вторая категория - краткие "лозунги" и неполные предложения. К этой второй категории можно отнести его "пост о себе" и первое сообщение в поддержку Чженли. Такие отличия в стилистике языка почему то наводят на мысли о multiple personality disorder, at least "a touch" of it.

Но буду рада ошибиться.

[valerian khukhunashvili (from livejournal.com)]

А разные авторы сообщений исключаются? Почему?

[multifidum.livejournal.com]

Справедливости ради:
For the SARS-like–CoVs to infect humans, substantial genetic changes in the S1 receptor-binding domain will be necessary.
В этой фразе нет ничего про искусственную природу необходимых для этого изменений. Так устроен язык этой науки, а также природа ее объекта, в котором случайно, с той или иной вероятностью происходят различные случайные события, но в котором их можно вызвать и искусственно (причем даже генноинженерные методы основаны на случайных событиях - встройка, рекомбинация, но имеющих очень высокую вероятность).

Далее авторы приводят две гипотезы для объяснения произошедшего, и обе они - о спонтанных случайных событиях: рекомбинация с другим вирусом и серия мутаций. Первое представляется более вероятным, так как требует одного события.

Вывод: конкретно в этих цитатах нет ничего в пользу предположения, что штамм, заразивший людей, подвергся искусственному воздействию. Максимум здесь есть свидетельство, что эти вирусы давно изучались.

Почему будущее время?

[(Anonymous)]

Если бы в этой фразе имели в виду непредсказуемые природные процессы, естественно было бы употребить более короткую конструкцию настоящего времени "... changes ... are necessary". Это была бы просто констатация факта. Может быть где-то в природе необходимые изменения уже произошли, но наука ещё об этом не знает (и человечеству лишь предстоит повстречаться с уже существующим вирусом). Может быть необходимые изменения в итоге никогда и не произойдут.

Авторы же почему-то предпочли употребить будущее время. Как будто они знали, что обсуждаемые изменения ещё не произошли, но должны произойти в недалёком будущем.

Или Вы как-то по-другому понимаете употребление будущего времени?

[pground59.livejournal.com]

The Daily Mail reported that it has uncovered documents showing that Dr. Anthony Fauci’s National Institute of Allergy and Infectious Disease (NIAID) gave $3.7 million to scientists at the Wuhan Lab at the center of coronavirus leak scrutiny. According to the British paper, “the federal grant funded experiments on bats from the caves where the virus is believed to have originated.”
https://childrenshealthdefense.org/news/u-s-governments-3-7-million-grant-to-wuhan-lab-at-center-of-coronavirus-outbreak/?fbclid=IwAR3F1cb6JeWBfqMiGTRrb-12TkwNjH33gJGv-x73pdCYBlAx4j6-w8Ph3E4

[rw-kitten.livejournal.com]

Да, интересно, прямо диaграмма уже нужна кто там с кем работал и кто за кого теперь выступает.

Вот еще один соавтор
https://globalhealth.duke.edu/sites/default/files/cv/cv-linfa_wang-jan2017.pdf

сообщает нам,что
very few bat viruses are ready to transmit directly to humans, said Wang, who has been studying bat origins of human viruses for decades and works with a group of researchers sometimes dubbed ‘The Bat Pack.’

“I always say that if they could do that, then the human population would have been wiped out a long time ago because bats have been in existence for 80-to-100 million years -- much older than humans,” he said.
https://www.chinadailyhk.com/article/121989#A-bat-cave-run-by-monks-shows-it%E2%80%99s-hard-to-banish-virus-risk

...researchers involved in bat sampling to take special precautions, including immunization against rabies -- the only vaccine available for a bat-borne virus

[fluorent.livejournal.com]

Кстати, в качестве продолжения оффтопа, расследование CFTC по поводу утечки информации по сделке ОПЕК может иметь для России серьезные последствия - скандал разрастается.
While the traders involved were not Russian government officials, the entities that made the bets do employ individuals with ties to the Kremlin, Bloomberg News reported, adding that the names of the traders could not be identified.

[alexander panesh (from livejournal.com)]

Уважаемый Андрей Николаевич, писал Вам в другом комментарии, не уверен, что Вы увидели. Мы, компания Oaklins Global Analytics GmbH, Austria , создали уникальный аналитический терминал .
Пожалуйста, свяжитесь со мной, возможно Вас заинтересует наш продукт и, возможно, мы сможем сотрудничать в области искусственного интеллекта (AI), либо же в сферах, связанных с экономикой и наукой. Мой email : ap@42.cx. С уважением, Aleksander Panesh, Director development.

[zuiderzee.livejournal.com]

"резервуар" - это наверное всё-таки "источник "...

[doctor-notes.livejournal.com]

Нет, именно "резервуар".

Уже и в Википедию просочилось...

[(Anonymous)]

https://en.wikipedia.org/wiki/Misinformation_related_to_the_2019-20_coronavirus_pandemic

Re: Уже и в Википедию просочилось...

[(Anonymous)]

Судя по страницам участников обсуждений там, тема плотно контролируется участниками с социалистическими взглядами

"Nature" - SARS-CoV-2 не лабораторый

[viniz.livejournal.com]

https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9

Статья учёных из США, Великобритании, Австралии в ведущем мировом научном издании.
Сдана в редакцию 17 марта 2020г. Опубликована в апреле 2020г.

В статьи приведены 30 ссылок на научные исследования, работы.

Журнал Nature (в переводе с англ. — «Природа») — один из самых старых и авторитетных общенаучных журналов (https://ru.wikipedia.org/wiki/Nature).

Re: "Nature" - SARS-CoV-2 не лабораторый

[(Anonymous)]

Поразительная скорость Peer Review! Браво!

Нормальному человеку там надо мнимум год ждать, и еще найдут недочеты и придется несколко раз переписывать.
Неужели там такое открытие? И все быстро перепроверили ? Ай да Пушкин!

Как мне рекомендовал 1 коллега, нужно найти значимого человека в соавторы, тогда быстрее печатают.

MaG

those ol'fashion mafioso are just kids in comparison

[(Anonymous)]

from EcoHealth Alliance blog:
In a paper published recently by Science, the Global Virome Project’s architects, including EcoHealth Alliance President Dr. Peter Daszak, laid out their plan. In just 10 years, the team estimated they can locate 71 percent of the 1.67 million undiscovered viruses. The price tag for this–$1.2 billion–may seem steep, but compare it to the cost of recent outbreaks: $10 billion for Ebola, $30 billion for the H5N1 flu, $30-$50 billion for SARS, $45-$55 billion for the 2009 H1N1 pandemic.
--
had a chance to take a look on their Board, Partners and Stuff sections.

[igordkh (from livejournal.com)]

Да все понятно. Авторитарный режим, губернаторы боялись передовать плохую информацию. И понеслось. Но ученые еще работают, ждать чего?

[Сергей &&& (from livejournal.com)]

На мой взгляд, блестящее расследование. Спасибо.
Но сама по себе коллаборация влиятельных вирусологов Китая и США неудивительна. Странно другое: их профессиональный мир должен быть довольно тесен, почему же тогда молчат оппоненты в тех же США?
Факт сотрудничества Ши, Дасзака и Андерсон, столь убедительно вскрытый автором блога при содействии некоторых френдов, наверняка является секретом Полишинеля в профессиональных кругах. Откуда в таком случае глобальный заговор молчания? ХЭБу честь и хвала, но почему не подняли свой голос те, кому это всегда было прекрасно известно? Ложно понятая профессиональная солидарность, корпоративная круговая порука?

Я сталкивался с подобным лет двадцать назад, когда мне по профессиональному долгу приходилось расследовать дела о неправильном лечении, повлекшем смерть пациента. Практически всегда заключение комиссии судмедэкспертов по данной категории дел было таково: да, врачи допустили такие-то и такие-то грубые нарушения существующих правил лечения - и все это на несколько страниц, а в конце - один абзац: однако все эти нарушения не находятся в прямой причинной связи с наступившей смертью, поскольку имело значение и объективное развитие клинической картины заболевания. То, что в дореволюционном правосудии называлось "предать воле Божией".
Мои коллеги и я для получения объективных экспертных заключений добивались проведения экспертиз в других субъектах федерации и военными медиками (коллеги из Военной прокуратуры, соответственно, наоборот, передавали материалы в гражданские медико-экспертные комиссии). Видимо, были какие-то трения между ними, так что это в какой-то степени помогало (при этом существовало внутреннее опасение впасть в другую крайность: из-за соперничества военных и гражданских медицинских ведомств отдать под суд врача за ошибки, не являющиеся грубой халатностью). В дальнейшем, после выхода в отставку, я рекомендовал общественным правозащитным организациям (Лига защиты прав пациентов и прочие) действовать таким же способом.

Но тогда речь шла о конкретных, единичных случаях неправильного лечения, а не о беспрецедентной по масштабам пандемии. Сейчас-то где врачебная общественность? Или о факте многолетнего сращивания на почве общей профессиональной деятельности Ши, Дасзака и Андерсон вирусологи могут узнать только из исследований ХЭБа и его единомышленников?

почему же тогда молчат оппоненты

[(Anonymous)]

just take a look on the partners of Dr.Peter Daszak' EcoHealth Alliance.
CDC is in that list, loads of famous universities and a set of extremely influential folks on the board.
you could also try to find the EcoHealth' donors list that I expect gonna be even more impressive.