Если редактор хочет, чтобы его издание имело академическую ценность и репутацию объективного труда, он опубликует ВСЕ известные версии документа, лучше в качестве параллельных текстов с комментариями.

Если редактор хочет следовать "генеральной линии партии", он публикует те тексты, которые соответствуют этой линии.

Совершенно непонятно, почему "в данном случае" опубликованный текст имеет бОльший вес: кто это решает? Если бы один из текстов был завизирован Гайдаром, тогда еще можно было бы говорить об авторской правке (но и в этом случае академическое издание публикует ОБЕ версии и комментирует их).

Что мешает опубликовать оба варианта с комментариями? Институт Гайдара может себе позволить такую роскошь, тем более, что АН уже сделал заних всю работу.